Nel 1604 per iniziativa del marchese Enzo Bentivoglio (1575-1639) - il più grande impresario teatrale ferrarese del 600 -, l’Accademia degli Intrepidi prende in affitto un granaio pubblico di proprietà degli Este e commissiona a Giovan Battista Aleotti (1546-1636) il progetto per un nuovo teatro. È questo il teatro che rappresenta al livello più alto il gusto e la cultura della civiltà ferrarese dello spettacolo nel XVII secolo. Non a caso costituisce il prototipo del Teatro Farnese di Parma, primo moderno teatro d'opera, realizzato dallo stesso Aleotti tra il 1617 e il 1618.

Il Teatro degli Intrepidi è un edificio di grande eleganza, costruito con criteri innovativi. Nel suo progetto Aleotti sopprime la scena fissa e anticipa alcune fondamentali caratteristiche dei teatri d'opera moderni privilegiando soluzioni che si modellano sulle esigenze dei nuovi generi musicali e scenici come le “pastorali con intermezzi” o i “tornei dell’abbattimento” che si stanno affermando a Firenze. Nella sala le gradinate formano una “U” rendendo più ampio lo spazio destinato ad ospitare alcune parti dello spettacolo. Questo spazio sarà poi occupato dalla platea. Dietro alla galleria Aleotti aggiunge altre gradinate, soluzione che oggi pare una sorta di embrione delle file sovrapposte dei palchi. Il palcoscenico viene ampliato per ospitare scene mobili e per permettere la movimentazione delle macchine. Novità importante rispetto ai teatri dell’epoca è l’arco di proscenio: si può dire che con il Teatro degli Intrepidi questo elemento è per la prima volta presente in modo stabile nell'organizzazione spaziale di un teatro.