Da non confondere con l'omonimo dell'ex fortezza, il Baluardo di San Paolo venne solo fondato e non costruito nel 1585, con la sovrintendenza dell'architetto argentano Giovanni Battista Aleotti (1546-1636) e del luogotenente Cornelio Bentivoglio.

Una lunga cortina univa la pentagonale cittadella pontificia alle opere difensive della Porta di San Paolo: questo tratto di mura, costruito nel XVII secolo e rimaneggiato nell'Ottocento, sostituiva le precedenti difese medievali, più arretrate, demolite quando venne edificata la cittadella papalina nel primo Seicento. La cortina era ancora integra agli inizi degli anni Trenta del secolo scorso: a quell'epoca, sulla base di un piano industriale che prevedeva lo sviluppo urbano verso sud, venne abbattuto un lungo segmento delle mura meridionali adiacenti all'ex fortezza per la costruzione della nuova torre dell'acquedotto e di altre infrastrutture nell'area della Piazza d'Armi.

Negli anni '50 si completò l'espansione edilizia del Rione Giardino verso l'area industriale nord-occidentale e quella fortemente antropizzata a sud/sud-ovest, lungo e a ridosso della direttrice di Via Bologna, così che si è persa ogni traccia visibile del percorso delle mura per un tratto di circa 450 metri: è la lacerazione più estesa dell'intera cerchia urbana. Un altro squarcio è stato aperto all'imbocco dell'attuale via Kennedy nel 1967, mentre il terrapieno del tratto residuo verso ovest ha subito un ulteriore assottigliamento nel 1981, in occasione dei lavori per la collocazione della stazione delle autocorriere.