Questo palazzo,che nel nome “Paradiso” rivela quella suggestione tipica dei nomi delle delizie estensi, si ergeva nelle immediate vicinanze degli alloggi di Ludovico Ariosto e della sua famiglia. L’originario ingresso si affacciava infatti sulla via Gioco del Pallone, dove abitava il Poeta, contribuendo, insieme al palazzo di casa Minerbi, a elevare il prestigio della strada. Dal 1753 il palazzo è la nuova sede della Biblioteca Civica, che contiene un patrimonio di volumi e manoscritti antichi, incunaboli, codici miniati e cimeli dell’Ariosto, al quale è stata intitolata nel 1933.

Come già per l’adiacente casa Minerbi, anche gli affreschi di Palazzo Paradiso (1385-1391) che raffigurano scene di vita cavalleresca e di vita cortese, avranno contribuito ad arricchire il repertorio di immagini complici nel stimolare la fantasia di Ludovico Ariosto. Solo un esempio è a tal proposito l’affresco nella Sala d’Ercole (1420) dove sono rappresentati due musici, “una dama con liuto e un’altra con un piccolo organo portativo che si sporgono dai balconi. Al di sopra delle scene principali, queste due musiciste accompagnano la narrazione del racconto” (Cavicchi, in Venturi, L’uno e l’altro Ariosto, 2011, p.280). Scene sicuramente familiari all’Ariosto che le ritrovava, non più dipinte ma animate, all’interno della corte estense: sicuramente fonti di ispirazione per l'immaginario scenografico e culturale racchiuso nel Furioso.

Persino le preziose miniature delle Tabulae Astrologiae di Giovanni Blanchinius, conservate nella Biblioteca, possono annoverarsi tra le fonti visive dell’Orlando. La scena illustrata all’interno del volume, con Borso d’Este intento a farsi leggere il proprio oroscopo, ricorda i versi del Furioso in cui i capi degli eserciti restavano in attesa del vaticinio astrologico prima di procedere con qualsiasi azione in battaglia. Per quanto, “nell’usare quel tono disincantato e bonario l’Ariosto dimostra di esser il primo a non credere alle fiabe che racconta” (Malagù 1974,in Riccardo Belvederi, Virgilio Ferrari, Arturo Malagù, Ferrara e l'Ariosto p. 12). Sulla Luna, infatti, si trova disperso insieme al senno di astrologi e filosofi, anche quello dei poeti, nello stesso luogo dove Astolfo è alla ricerca anche del perduto senno di Orlando:

Altri in amar lo perde, altri in onori,
…altri alle magiche sciocchezze
Altri in gemme, altri in opere di pittori..
Di sofisti e d’astrologi raccolto,
e di poeti ancor ve ne era molto.
(O. F. XXXIV, 85)

È in questo edificio che il 6 giugno del 1801 vennero trasferiti i resti del Poeta dalla Chiesa di San Benedetto con festeggiamenti che si protrassero per due giorni. Il corteo che accompagnava l’urne contenente le ceneri e le ossa del Poeta, era composto dalle autorità francesi e da quelle locali, da rappresentanti dello Stato Maggiore dell’esercito di Napoleone Bonaparte (Ferrara è parte della Repubblica Cisalpinana nel 1797) e dall’intero corpo dei docenti dell’Università. Le spoglie del Poeta sono tuttora conservate nel monumento funebre della sala maggiore della Biblioteca il cui disegno è opera Giovan Battista Aleotti che affidò l’esecuzione in pregiati marmi di Verona ad Alessandro Nani.

Venne fatto erigere nel 1391 da Alberto V d’Este, in occasione del suo matrimonio con Giovanna de Roberti e fu decorato con scene della vita di corte e motivi tratti dai romanzi cavallereschi. Una parte di questi affreschi fu sostituita attorno al 1438 con soggetti pertinenti il Concilio di Ferrara di quell'anno. Fu questa la fase più splendida del palazzo, quando all’interno della magnifica dimora patrizia, trovarono ospitalità personaggi illustri, nobili ed ecclesiastici.
Gli ultimi saggi di scavo hanno evidenziato che il palazzo era un edificio con ingresso da via Giuoco del Pallone, definito da quattro corpi di fabbrica, con colonnati e logge in doppio ordine, attorno ad un cortile rettangolare selciato. L'atrio d'ingresso era affrescato fin dal XV secolo. Interessanti sono i ritrovamenti dell'antica pavimentazione: nelle sale al pianterreno, nelle logge e nell'ingresso era in cocciopesto e tale dovette rimanere fino agli inizi del XVII secolo.

Risale al 1567 lo spostamento di tutte le scuole dello Studio ferrarese, fino ad allora sparse in varie sedi cittadine, in un unico edificio. Palazzo Paradiso, di proprietà di Ippolito d’Este, fu dapprima affittato e in seguito acquistato dalla Municipalità per questo specifico scopo.

È a partire dal secolo XVII che il fabbricato cominciò a perdere la suggestione di dimora patrizia per acquisire più austeri contenuti. Si resero così necessari vari interventi che ne modificarono l’assetto architettonico proponendo una nuova distribuzione degli spazi per la differente destinazione d’uso. Lo spostamento dell’ingresso principale da via Giuoco del Pallone a via delle Scienze, con la conseguente costruzione di un imponente portale sovrastato da una torretta ad opera degli architetti Alessandro Balbi e Giovanni Battista Aleotti, nonché la costruzione del marmoreo scalone monumentale per l’accesso al piano superiore su progetto di Antonio Foschini, sono solo alcuni degli interventi, anche se tra i più macroscopici e invasivi, che portarono l’edificio ad assumere l’attuale aspetto. Anche l’apparato iconografico si adeguò alle nuove funzioni: le decorazioni pittoriche al piano superiore cancellarono i precedenti e più antichi affreschi. Negli anni successivi si fece sempre più strada la necessità di provvedere a un ampliamento degli spazi per lo Studio che necessitava di adeguati apparati didattici: la Biblioteca, il Teatro anatomico e l’Orto botanico.
L’Università ferrarese, dopo un progressivo spostamento in altre sedi delle proprie attività, abbandonò definitivamente Palazzo Paradiso nel 1963, per lasciare spazio alla Biblioteca che oggi lo occupa interamente.

L’aula destinata alle lezioni di anatomia dell’Università di Ferrara denominata Teatro anatomico, era stata preceduta da un gabinetto allestito da Gian Battista Canani presso la vecchia scuola degli Artisti alle Crocette di San Domenico, poi da un altro teatro anatomico sempre a Palazzo Paradiso documentato fin dal 1588 ma definito “angustum ac inelegans”.
La costruzione dell’attuale Teatro anatomico risale agli anni 1731-1732 ed è il frutto della collaborazione tra Giacinto Agnelli, anatomista e l’architetto Francesco Muzzarelli. Di forma ottagonale risulta una buona mediazione tra il Teatro anatomico dello Studio padovano (1594) ovale ma piuttosto buio e quello di Bologna all’Archiginnasio (1637) quadrato e con un solo ingresso. Il Teatro anatomico ferrarese riceve la luce da quattro luminosi finestroni è dotato di un ingresso per i professori, uno per gli studenti e uno più piccolo per i cadaveri. La denominazione di Teatro deriva anche dall’abitudine, in voga soprattutto durante il XVII secolo, di consentire al pubblico di assistere alle dissezioni. Nel 1771 con la riforma dello Studio, ne fu limitato tassativamente l’accesso agli studenti universitari, riconducendone le pratiche alle sole lezioni di anatomia ad uso esclusivo di studio. Progressivamente nel corso dei decenni seguenti si diffuse lo spostamento dell’insegnamento anatomico dai teatri agli ospedali per evidenti ragioni di praticità e di coerenza scientifica. Lezioni pubbliche di anatomia si tennero nel Teatro anatomico fino al 1831, anno in cui fu trasferita la facoltà di medicina presso l’ospedale Sant’Anna. Si trattava per lo più di cerimonie formali che fornivano importanti occasioni per sancire il prestigio dell’Università mentre le sezioni anatomiche pratiche venivano condotte già da qualche anno presso l’ospedale. Oggi il Teatro anatomico è visitabile su prenotazione.

L’Orto botanico dell’Università di Ferrara fu istituito nel 1771 con la Riforma dell’Almo Studio ad opera di Clemente XIV e la cattedra dei Semplici fu contestualmente trasformata in quella di Botanica. Fin dal 1729 la Municipalità aveva ceduto all’Università l’uso dell’orto di Palazzo Paradiso per “ridurlo e mantenerlo in Orto dei Semplici”. Anche se la tradizione per lo studio delle piante e dei loro effetti terapeutici era assai consolidata a Ferrara fin dal Rinascimento, non si hanno notizie circa l’ubicazione in città di un orto botanico pubblico, pur supponendone l’esistenza. Il Catalogo dell’Orto botanico redatto dal Prefetto Francesco Maria Giacomini nel 1792 conta 2800 specie di cui 561 di uso medicinale che rappresentano solo un quinto della totalità a dimostrazione del fatto che la botanica si stava sempre di più affermando come scienza autonoma. Dal 1804 al 1832 il Prefetto dell’Orto botanico fu Antonio Campana (1751-1832), medico, chimico e fisico. Egli portò a 4200 il numero delle specie coltivate nell’orto tra il 1812 e il 1815 e a 5500 nel 1824. Nel giardino esistevano 4 serre fra cui una olandese per le felci una calda per le palme e una detta aranciaia per la coltivazione degli agrumi. La direzione dell’Orto passò in seguito a Francesco Jacchelli e al di lui figlio, Domenico, che lo ressero fino al 1878, anno in cui fu nominato professore di botanica Caro Massalongo che divenne anche direttore dell’Orto fino al 1919. Durante questi anni l’orto fu trasferito a Palazzo Schifanoia per essere di nuovo riportato nel giardino di Palazzo Paradiso nel 1925 dove rimase fino al 1963, anno in cui fu definitivamente spostato presso il Palazzo Turchi-Di Bagno, sua attuale sede.